重建後的皇岗口岸今(12日)早 6 时半正式开通，是实施「一地两检」後，香港和深圳之间首个采用创新的「合作查验丶一次放行」通关模式的陆路口岸。旅客只需要排一次队丶检查一次证件和核实一次身分，便可以完成两地出入境手续。当局预料，车辆通关时间由原来约10分钟，缩短到少於2分钟；旅客整体通关时间则由原来约30分钟，缩短到约 5 分钟，令通关效率大为提升。
不少一大清早前来体验新通关模式的市民均认为，新模式确是方便快捷许多，感觉通关时间是少於一分钟。在深圳居住但在香港工作的命理师麦玲玲今早是第一个体验新模式的驾驶者，她实地接受媒体访问时大赞新口岸设施，指通道增加了，行车十分畅顺，全程毋须一分钟；若单是计算验证时间，更只须15秒。
当局公布，今早通关後头两剃时，有5170人次使用，较过往同一时段增加六成，而通关车次亦有953次，较过往同期增加约三成。亲临口岸视察的政务司司长陈国基形容，口岸今早整体运作非常畅顺，旅客过关程序顺利。但由於今天并非假期，接下来的周末才是大挑战，当局会密切留意周末的人流情况，并希望人员能尽快熟习新的通关模式，以应付将来节假日的高峰人流。他又说，若新通关模式运作良好，会考虑扩展至其他口岸，但暂时未有目标。
深圳市口岸办口岸一处处长薛华明预计，皇岗口岸开通的第一天，初步客流料有 4万至 5万人次，客流高峰应该在本周末出现，两地人员已作出安排，确保通关旅客便捷高效。根据设计，24小时运作的新皇岗口岸，通关流量是每日约 20万人次；当港铁北环线支线开通後，通关流量可以提升到每日约30万人次，可进一步加强香港与深圳的人流丶物流丶资金流和信息流，进一步推动大湾区深度融合。
特首指新皇岗意义非凡 评论吁研究对港挑战
而在昨晚的大楼开通仪式上，特首李家超表示，皇岗口岸的重建项目是港深两地共建共享的标志性工程，亦是粤港澳大湾区互联互通的重要里程碑，其开通深具意义，就是要藉促进跨境人员往来，提升口岸通关效能来落实中国「十五五」规划提出的深化粤港澳大湾区建设；而采用创新的「合作查验丶一次放行」通关模式，亦是实践制度创新。
不过，资深新闻工作者李锦洪今早在网上节目中指出，港府为新皇岗口岸的开通描绘宏图，但交通便捷亦会为香港带来冲击，首先是港深同城化必然会令香港特色退化，变得更像中国一个城市；其次是「深圳居住丶香港工作」的生活模式会更加盛行，若此，香港楼价不可能上升，分别只是下跌多少才喘定，其不定性正是地产商对北部都会区发展未敢冒进的原因。这对税收重度倚赖地产业的香港和港人有什麽影响和冲击，都需要政府好好研究。
除了新界北部的楼市会由高向下流之外，物价亦会可能有同样的下调，甚至是市道亦可能受影响。节目另一主持人陈钰明以北欧的芬兰为例指出，数年前，由於芬兰物价与只有一海之隔的爱沙尼亚等「波罗的海三小国」 的物价差距巨大时，不少人会乘船到爱沙尼亚等地购买大量日用品，然後同日携货乘船返家，相信这情况会在深港之间重演。
原有的皇岗口岸与香港落马洲管制站以跨境桥连接，自1989年起啓用，出入境人士须以特许巴士连接。港府数据显示，在香港境内的落马洲管制站的旅客流量，已由开通初期每日数千人次，攀升至近年高峰期的六万多人次；跨境私家车流量由初期每日百馀架次，增加至现时约一万架次，当局於是决定扩建。当皇岗口岸联检大楼今早启用後，有近三十年历史，俗称「皇巴」的落马洲至皇岗跨境穿梭巴士在今早6时15分开出最後一班车之後便停运，不少巴士迷特意到场送别。